На Коморских островах существует развитая система транспортного сообщения. В общей сложности острова покрывает 880 км шоссейных дорог. Также на островах есть три морских порта: Морони, Муцамуду и Фонбони, несмотря на то, что торговый флот у этой страны отсутствует. Также на Коморских островах нет железной дороги. На всех островах есть аэропорты с обустроенными взлетно-посадочными полосами. Взлетно-посадочная полоса одного аэропорта имеет длину 2438 м., остальные три – 1523 м.
Относительная изоляция Коморских островов привела к тому, что воздушное движение здесь довольно развито и является основным средством передвижения между островами. Президенты республики в последнее время прикладывают значительные усилия для улучшения состояния воздушных портов страны и снижения расходов, чтобы сделать воздушный транспорт более доступным для островитян. Во время президентства первого Президента республики Абдаллаха в ходе переговоров были достигнуты соглашения с Танзанией и Мадагаскаром относительно налаживания коммерческих воздушных связей. Как следствие к началу 1990-ых годов Коморские острова имели прямые связи с Кенией, ЮАР, Танзанией, Мадагаскаром, Францией и Бельгией.
Национальная авиакомпания Эйр Коморс осуществляет ежедневные полеты между тремя главными островами. Из-за отсутствия регулярного морского сообщения между островами, пассажирское движение происходит через воздух. В настоящее время проходят работы по модернизации искусственных гаваней в Морони и Муцамуду.