При помощи хитрости, денег и стратегического политического мышления французские торговцы в первой половине 19-ого столетия захватили Коморы. Сначала Майотту в 1841 году, а спустя еще 45 лет над остальными островами архипелага. В начале 20-ого столетия Коморы были объявлены владением Франции, став ее колонией официально.
В марте 1841 года Франция захватила султанат Мавути Маоре и установила свой протекторат над островом. Спустя девять лет к Майотте добавили Андруна и через десятилетие султанат Ндзувани на Анжуане. В это время на Гранд-Коморе существовало более десятка султанатов, которые в 1886 году были объединены в один под предводительством верховного правителя Султана Бамбао. В течение следующего года остров Анжуан и султанам Мвали также стали французскими территориями.
Французские колонисты использовали острова для выращивания таких специй, как ваниль и гвоздика, которые они экспортировали на континент. Несмотря на то, что простой народ по большей части был недоволен таким положением вещей, элита, состоявшая из бывших правителей и их семей, активно сотрудничала с французскими властями на островах, и продолжала процветать. Также стоит отметить, что до того, как был открыт Суэцкий канал, Коморские острова были важным пунктом на пути следования из европейских стран в Азию, поскольку именно здесь осуществлялась дозаправка топливом кораблей и закупка продовольствия.
В начале апреля 1908 года Франция официально объявила Коморские острова своей зависимой территорией, которая относится к французской колонии Мадагаскару. В связи с тем, что колониальные власти на островах в начале 1940-ых годов были лояльны к Режиму Виши в континентальной Франции, в 1942 году Британия оккупировала Коморские острова и Мадагаскар.
После ухода Британии с Коморских островов после окончания Второй Мировой войны, они были объявлены «заморскими территориями», и как следствие началось преобразование политической системы Комор. В 1957 году на Коморах появился Правительственный Совет, а через четыре года Парламент, депутаты которого избирались. С 1968 года администрация Коморских островов получила широкую автономию по вопросам местного самоуправления. В 1973 году были достигнуты соглашения между французами и коморцами, и по результатам проведенного референдума, те острова, население которых выразило желание быть независимыми, провозгласили Независимость.