На двух референдумах, которые были проведены в конце 1974 и начале 1976 годов, население острова Майотта проголосовало против независимости от Франции (на первой более 60% голосов, на втором – 99.4%). Таким образом, Майотта осталась французской заморской территорией, а на Гранд-Коморе, Анжуане и Мохели был создан Союз Коморских островов. Первым президентом новообразованного государства стал Ахмед Абдаллах, который до этого возглавлял Правительственный совет. Правительственный совет был распущен и вместе него основан Парламент Коморских островов. Но Ахмед Абдаллах не долго был у власти, его сменил социалист Али Солих, который начал активную реорганизацию страны на основании своих социалистических идеалов, что не нравилось Франции.
Но в 1978 году Солих был убит французским наемником и к власти снова вернулся Абдаллах. Учитывая печальный опыт своего предшественника, Абдаллах отдал ключевые позиции в правительстве французским наемникам, которые вместе с арабскими торговцами и французскими крупными компаниями, немного подняли экономику страны. В этот период были расширены плантации, и примерно треть пахотных земель Коморских островов используется для экспортных нужд. После прихода к власти Миттерана во Франции, наемникам больше не оказывалась поддержка и как следствие начались волнения – президент Абдаллах настаивал на том, чтобы французские наемники покинули острова. За это наемники Денарда убили Абдаллаха, и французское правительство и ЮАР вынудили генерала и его наемников покинуть Коморы в 1989 году.
Саид Мохаммед Джохар стал новым президентом Коморских островов. Его правление было отмечено и попыткой импичмента, и неудачным покушением, и повторным вторжением Боба Денарда и его наемников на острова в 1995 году. После захвата островов наемниками французский президент Ширак отдал приказ спецназу вернуть власть на острове локальному правительству. За семь дней был составлен план операции и проведена сама операция (без единой жертвы), вследствие которой Денард и его наемники сдались. Бывший президент Комор, находившийся в изгнании вернулся на острова.