В 12-ом столетии Коморские острова были завоеваны султанатом Килва. Этот султанат был создан арабскими колонистами в 11-12 столетиях на прибрежных территориях современной Танзании. Считается, что именно тогда местное население было обращено в Ислам. Спустя столетие султанат Килва распался, и на островах образовались свои султанаты.
В 1505 году Коморы посетили португальские путешественники, которые исследовали архипелаг, а в 1529 году на острова прибыли французы, братья Парментье. Первые наиболее полные данные по островам принадлежат португальцам Диого Диасу и Фернандо Суаресу. Затем в 1590-ых годах на Коморы прибыл голландский путешественник Хаутман, которые составил обширное описание архипелага и его жителей. Несколько раз европейцы в этот период пытались захватить острова и построить свои колонии, однако, местные жители оказывали жестокое сопротивление.
Фактически, до середины 19-ого столетия европейцы не основывали здесь своих колоний, иногда только использовали острова для остановки во время путешествий вдоль восточного побережья Африки. На Коморы постоянно нападали пираты с Мадагаскара, что, в конце концов, привело к тому, что на островах существовало множество султанатов. Только на Гранд-Коморе в некоторые периоды истории существовало 12 султанатов.
За радикализацию Ислама на Коморских островах ответственных персы из Шираза, которые прибыли на острова во время второй волны миграции. Вторая волна миграции на Коморских архипелаг началась в первые годы 17-ого столетия. А этот период кроме персов, на острова снова прибыли арабские поселенцы и выходцы из восточного побережья африканского континента и Мадагаскара. В этот период Коморы воспринимались европейцами, как «пиратский рай», как и соседний Мадагаскар. Именно пираты привезли рабов китайцев и индийцев на Коморы. Позже пираты с Мадагаскара вывезли в рабство почти все население островов Мохели и Майотта, а острова присоединили к Мадагаскару.