Союз Коморских островов представляет собой федеративную президентскую республику, основанную на многопартийной системе. Президент республики одновременно также является главой правительства Коморских островов. Конституцию республики ратифицировало население островов через референдум 2001 года. Ранее Коморская республика считалась военной диктатурой, однако, в 2006 году произошла мирная передача власти. Конституция Коморских островов отводит особое место Исламу, но гарантирует соблюдение прав человека. Также в Конституции закреплены положения автономности для всех островов, входящих в Союз, включая наличие своих собственных конституций, парламента и президента. На каждом острове функции президента и Союзного собрания (парламент) отличаются.
Исполнительная власть на Коморских островах находится в руках правительства. Федеральная законодательная власть разделена между Парламентом и Правительством республики. Правовая система Союза Коморских островов опирается на исламское право, Кодекс Наполеона (оставшийся после французской колонизации) и обычное право. Судебная система строится на деревенских старейшинах, кадисах и гражданских судах, через которые решается большинство споров. Судебная власть на Коморах независима от президента и парламента. Верховный суд действует как Конституционный Совет при решении вопросов, касательно Конституции страны. Верховный суд состоит из восьми участников – два выбраны президентом, два – Федеральным собранием, и по одному от совета каждого острова.
Около 80% годового бюджета центрального правительства тратятся на сложную избирательную систему страны, которая предусматривается наличие полуавтономного правительства и президента на всех островах, и поочередного федерального президентства островных президентов. Коморские острова благодаря такой сложной избирательной системе последние пять лет считается единственной «истинной демократией» в арабском мире.