Флора и фауна Коморских островов и территориальных вод архипелага отличается высокой степенью эндемичностью, а также широким разнообразием разновидностей, представленных на островах. Среди уникальных разновидностей фауны Комор стоит отметить целаканта – эта редкая рыба живая окаменелость, она отличается хрящевым скелетом. Считается, что целаканта появилась на земле около 400 миллионов лет назад, и ранее ученые считали, что эти рыбы вымерли примерно 70 миллионов лет назад. Первый живой экземпляр был пойман в 1938 году у берегов южной Африки, и с тем пор этих рыб постоянно находятся в водах Коморского архипелага.
Несколько разновидностей млекопитающих являются уникальными для Коморских островов. Это макао (лемур) найден только на острове Махоре. Это животное находится под защитой властей, и прикладываются значительные усилия по сохранению его в дикой природе. Другая уникальная разновидность – Крылан Ливингстона (был обнаружен исследователем Д. Ливингстоном в 1863 году) в настоящее время находится на грани исчезновения. Насчитывается всего 120 особей, все из которых обитают на острова Нзвани. Самая большая в мире фруктовая летучая мышь (размах крыла до двух метров) – крылан Ливингстона.
22 разновидности птиц уникальных для Коморского архипелага, 17 из них ограничены островами Союза Коморских островов, и среди их особенно стоит выделить сову Картала, сову Анжуана и мухоловку Гумбольдта. В 1990-ых годах мировое сообщество начало оказывать давление на коморское правительство, чтобы последнее начало предпринимать срочные меры по сохранению окружающей среды, в особенности редких разновидностей животных и растений, а также уникальных островных экосистем, таких как коморский тропический лес. Как следствие в настоящее время делаются шаги не только на сохранение редких разновидностей, но и по противодействию уничтожению окружающей среды, особенно на плотно населенном острове Нзвани. Чтобы простые люди не вырубали деревья, правительство субсидирует керосин, а также области, где в подлеске выращивают иланг-иланг, стараются вернуть в природное состояние.