Покрывая площадь всего в 2 235 кв.км. Союз Коморских островов является одним из самых маленьких государств планеты. В дополнение к суходолу, республика также включает около 320 кв.км. территориальных вод. Главные острова архипелага отличаются относительно гористым ландшафтом – некоторые острова имеют высокие горы, на других только холмы. На островах преобладает тропический климат, но в высокогорных районах преобладает климат, типичный для умеренных зон.
Самый большой остров архипелага Гранд-Комор является наиболее «молодым» из островов, и поэтому имеет скалистую почву. На острове находится два вулкана – один действующий – Картала, второй – угасший вулкан Ла Гриль. Ландшафт этого острова отличается почти полным отсутствием хороших гаваней. Остров Мвали с его столицей Фомбони является самым маленьким островом из главных островов. Остров Нзвани (столица острова Муцумуду) известен своей треугольной формой, в углах которой расположены три горные цепи – Сима, Ниумакеле и Жимилиме, которые отходят от пика, расположенного в центре острова – Нтринги с высотой в 1575 м. над уровнем моря.
Самый древний из Коморских островов, который отличается самой богатой почвой, прекрасными гаванями и эндемичными разновидностями рыб, из-за окружающих остров коралловых рифов. Это остров Маоре. Рядом с ним расположены многочисленные маленькие островки, на самом большом из них – Паманзи, располагается бывшая столица Маори и бывшая столица колониального правительства на Коморах – Дзаудзи.
Острова Коморского архипелага имеют вулканическое происхождение. Гора Картала является не только одним из действующих вулканов, но и самой высокой точкой островов. Высота Картала достигает 2631 метр над уровнем моря. Это главный вулкан геологического щита Комор, на его склонах сохранился исчезающий на этих острова тропический влажный лес. Вулкан постоянно извергается, но извержения незначительные и вреда населенным пунктам на острове не несут.